Tujuan Program Studi D3 Kebidanan Fakultas Ilmu Kesehatan Universitas Ngudi Waluyo secara umum adalah menyiapkan lulusan Ahli Madya Kebidanan profesional dengan kompetensi asuhan kebidanan holistik, mengembangkan dan menyebarluaskan ilmu pengetahuan dan teknologi serta mengupayakan penggunaannya untuk meningkatkan kesejahteraan masyarakat dan memperkaya kebudayaan nasional. Tujuan umum tersebut secara spesifik dijabarkan sebagai berikut:

1. Tujuan Bidang Pendidikan dan Pengajaran

1. Meningkatkan keunggulan asuhan kebidanan holistik dengan mengembangkan sistem penjaminan mutu pendidikan tinggi yang terstruktur dan berkesinambungan yang mengarah pada standar internasional.
2. Mengembangkan kehidupan akademik yang dilandasi nilai-nilai budaya sehat, budaya bangsa dan jati diri program studi D3 Kebidanan FIK UNW.
3. Menghasilkan lulusan yang berbudaya sehat berjiwa professional, berakhlak mulia dengan standar ilmiah dan etika tinggi dalam pembangunan kesehatan.
4. Menghasilkan lulusan dengan wawasan global dalam bidang keilmuan kebidanan holistik serta memiliki kemampuan berkomunikasi Bahasa Inggris yang baik.
5. Menghasilkan lulusan yang berwawasan kewirausahaan serta mandiri dalam pengembangan pelayanan asuhan kebidanan holistik.

2. Tujuan Bidang Penelitian

1. Mengembangkan budaya penelitian di kalangan dosen dan mahasiswa dalam bidang kebidanan holistik yang mengarah pada kualitas internasional
2. Meningkatnya kuantitas dan kualitas penelitian pada dosen dan mahasiswa dalam bidang kebidanan holistik.
3. Meningkatnya produk penelitian baik fisik ataupun non fisik dan/atau perolehan Hak Kekayaan Intelektual.

3. Tujuan Bidang Pengabdian Kepada Masyarakat

1. Meningkatnya kapabilitas dosen dan mahasiswa dalam melaksanakan pengabdian masyarakat dalam bidang pelayanan kebidanan holistik.
2. Meningkatnya kuantitas dan kualitas pengabdian kepada masyarakat atas dasar tanggung jawab sosial demi kepentingan masyarakat dalam bidang pelayanan kebidanan holistik.
3. Meningkatnya kegiatan pengabdian kepada masyarakat yang berdasar hasil-hasil penelitian untuk menyelesaikan masalah-masalah aktual di masyarakat.

4. Tujuan Bidang Kerjasama

Meningkatkan kerjasama dengan lembaga-lembaga atau instansi-instansi lain baik di dalam dan diluar negeri yang terkait untuk memperluas cakrawala lembaga dan memperoleh manfaat serta kebaikan dalam mencapai visi.